Минфин РФ в своем письме № 03-04-06/4-244 от 30.09.2011 разъяснят порядок определения налоговым агентом базы по НДФЛ по операциям с ценными бумагами, если налогоплательщик представил заявление и документы, подтверждающие расходы, которые связаны с приобретением и хранением соответствующих ценных бумаг и которые налогоплательщик произвел без участия налогового агента.

Ведомство отмечает, что при неоднократной выплате дохода расходы по приобретению ценных бумаг, не учтенные ранее при определении налоговой базы вследствие непредставления налогоплательщиком документов, подтверждающих их фактическое осуществление, могут быть учтены при последующих выплатах дохода налоговым агентом, в том числе, при выплате налоговым агентом дохода в натуральной форме.

Если сумма налога, удержанная налоговым агентом при выплате дохода налогоплательщику, больше суммы налога, рассчитанного нарастающим итогом при последующих выплатах, или выплат дохода после представления налогоплательщиком документов, подтверждающих фактически произведенные расходы, до окончания налогового периода не производится, налогоплательщик вправе учесть эти расходы при подаче налоговой декларации в налоговый орган.

Что касается случаев, когда превышение суммы удержанного налога при выплате дохода над суммой налога, исчисленного при последующих выплатах доходов, не связано с несвоевременным представлением налогоплательщиком документов, подтверждающих расходы, то наличие излишне удержанного налога определяется по окончании налогового периода, либо до его окончания в случае прекращения действия договора налогоплательщика с налоговым агентом до окончания налогового периода.

В последнем случае сумма излишне удержанного налога определяется на дату прекращения действия договора.

В таких случаях в отношении сумм излишне удержанного налога применяются положения статьи 231 НК РФ.