Добрый день!
Выполняемая вами работа(услуги) должны отличаться от выполняемой вами работы по трудовому договору. Иначе спорным и представляются объемы выполненных вами работ, услуг. Необходимо будет доказывать когда вы их выполнили - либо как в качестве работника, либо в объеме указанном в договоре.
Кроме того, если вы заключаете гражданско - правовой договор он должен отличаться от трудового, например, не должно быть указания на время выполнения работы (с 9 до 18, 2 дня выходных, например), не должно быть указания на то, что вы подчиняетесь правилам внутреннего - трудового распорядка. Вообще лучше покажите текст договора юристу.
Если договор вами и другой стороной подписан, в тексте договора указано, что вы представляете Акт выполненных работ, можете ссылаться на ч. 1 ст. 425 Гражданского кодекса РФ. Если договор не подписан сторонами, была произведена оплата или какие то иные действия, тут уже необходимо ориентироваться на другие статьи в зависимости от ситуации.
С уважением,