Александр!
ПФ может вам перечислить деньги как до регистрации права собственности покупателя на квартиру так и после.
1. Если вы выбираете вариант перечисления денег после гос.регистрации права собственности покупателя на квартиру, т.е. тот вариант, что вы указали в вопросе, то нужно просто в договоре купли-продажи детально прописать порядок оплаты(т.е. что часть денег платится сразу за счет средств покупателя, часть вы получаете от ПФ после регистрации права собственности покупателя; также прописываете условие, что после получения свидетельства о праве собственности, покупатель обязуется в такой то срок обратиться в ПФ с заявлением на перечисление вам средств материнского капитала в счет оплаты жилья и предоставить в ПФ все необходимые документы, третье условие которое вам нужно прописать для своей защиты - это то, что если ПФ отказывает в выплате денег, покупатель обязуется выплатить вам оставшуюся сумму денег по договору за счет своих средств, либо передать вам обратно квартиру(вы возвращаете ему в этом случае уже полученные деньги)
таким образом, вы всегда сможете либо расторгнуть договор купли-продажи через суд и вернуть себе квартиру, либо взыскать недополученные деньги, если покупатель вас обманет.
2. Постановлением Правительства РФ от 12.12.2007 N 862 предусмотрен также другой вариант. т.е. если Вы предусматриваете в договоре купли-продажи, что право собственности на приобретаемое жилое помещение переходит к покупателю после полной выплаты цены договора, то в этом случае в ПФ нужно будет предоставить
1. зарегистрированный договор купли-продажи,
2. нотариально заверенное ваше обязательство оформить квартиру в собственность покупателя в течении 6 месяцев после выплаты им всех средств по договору и перечисления вам средств материнского капитала
3. написанную Вами справку о том, какая сумма по договору вами от покупателя получена, и какая сумма осталась.
в этом случае право собственности перейдет к покупателю после выплаты вам всех денег.