Добрый день! При обращении в суд обязательно придется оплатить государственную пошлину. До суммы 50тр высчитайте 4% от цены иска, если сумма от 50тр и выше прямо на сайте суда можно расчитать гос пошлину.
Если Вы ИП, то при подаче иска приложите свидетельства ИНН и ОГРНИП, если ООО - то все учредительные документы, включая свидетельства, устав, приказ, решение, свежую выписку и т.д.
К иску также нужно приложить все документы в обоснование своей позиции. Не думаю что договор аренды имеет важное значение. Гораздо важнее приложить документы подтверждающие недостачу в магазине: акты ревизии, трудовой договор с работником, бланк материальной ответственности, заявление в полицию и т.п.
Помните, иск о возмещении материального вреда возникшего из трудовых правоотношений может быть подан НЕ ПОЗДНЕЕ 1 года с момента недостачи.