Местом жительства несовершеннолетних граждан признаётся место жительства их родителей. Насколько я понял ваш ребёнок проживает фактически с вами, но зарегистрирован в квартире отца. Выписать без уведомления его не могут, более того, для этого необходимо судебное решение. Если он является сособственником жилого приватизированной квартиры, то эта процедура, практически невозможна. То же касается случаев достижения возраста совершеннолетия, просто процедуры несколько упрощаются, поскольку он уже не будет находиться под защитой органов опеки. Удачи!