Добрый день! Вам нужно подать исковое заявление о снятии с регистрации в районный суд по месту регистрации сына (т.е. в районный суд где находится Ваш частный дом).
К исковому заявлению нужно будет приложить квитанцию об оплате государственной пошлины 300 руб, документы подтверждающие Ваши права как собственника данного дома, поквартирную карточку о количестве прописанных на сегодняшний момент, чеки оплаты коммунальных платежей, по желанию документы подтверждающие факт родства.
Суд снимет с регистрации, однако вопрос выселения Вашего сына от этого не решится. Нужно будет вызывать правоохранительные органы, чтобы принудительно выселить его из дома.