Добрый день! Сходите в банк с чеком, посмотрите выписку по балансу. В любом случае надо разбираться куда ушли деньги и была ли Ваша вина в том, что деньги не дошли до адресата (т.е. до Банка). Если Вашей вины нет и деньги оплачены по верному расчетному счету, пишите заявление и прикладывайте копию, пусть Банк разбирается. Соответственно никакие пени за просрочку платить не придется.
В целом могу сказать, что погашение последнего кредитного платежа еще не свидетельствует о погашении всего кредита, бывает что остаются копейки, которые через пару лет могут вылиться в тысячи. После закрытия кредита нужно просить у Банка выдачи справки, что кредит погашен, Банк претензий к Вам не имеет. Число, подпись и печать. Вот при таком раскладе Банк претензий к Вам точно иметь не будет.