вообще такого не должно быть:
либо 2 доли по 1/2
либо 2 квартиры
подайте на кадастровый учёт изменений второй доли (с доли на квартиру)
проведите кадастровый учёт общего земельного участка под многоквартирный дом
и с этого момента будете собственнками в силу закона (ст. 36 ЗК и ЖК РФ)