Добрый день Денис!
Ежемесячно при составлении табеля учета рабочего времени вам должны учитываать часы переработки. И оплачивать их также ежемесячно. Если этого не происходило, то каким образом это учитывалось?
В любом случае (если учет переработанного времени ведется), то переработанные часы вам должны включить в табель и начислить заработную плату с учетом переработанных часов. Также вместо оплаты вы можете потребовать предоставить вам отгулы за переработку.
Напишите заявление в отдел кадров, дождитесь резолюции директора и отправляйтесь в отгулы. А табеле вам за эти дни должны проставить рабочие смены и оплатить их.