При последующей продаже квартиры, находившейся в собственности налогоплательщика менее трех лет, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов. К таким расходам в случае их документального подтверждения относятся суммы денежных средств, уплаченных по договору купли-продажи квартиры, а также расходы по приобретению векселя третьего лица, переданного в счет оплаты части стоимости квартиры (письмо Минфина России от 29.03.13 г. N 03-04-05/4-306).

Налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов от продажи квартиры на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением данной квартиры, в том числе по договору участия в долевом строительстве. В частности, расходы на погашение процентов по целевым займам (кредитам), фактически израсходованным на приобретение прав требования по договору участия в долевом строительстве, могут быть учтены в расходах, уменьшающих налоговую базу по налогу на доходы физических лиц в соответствии с п.п. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ (письмо ФНС России от 9.04.13 г. N ЕД
3-3/1250@).

Налогоплательщик вправе уменьшить сумму облагаемого налогом на доходы физических лиц дохода, полученного от продажи 1/2 доли в праве собственности на квартиру, на сумму расходов, связанных с приобретением квартиры, пропорционально проданной доле (письмо Минфина России от 9.08.13 г. N 03-04-05/32309).

При продаже находившегося в собственности налогоплательщика имущества менее трех лет налоговая база может быть уменьшена на сумму документально подтвержденных расходов на оплату государственной пошлины за регистрацию права собственности или регистрацию уступки прав требования по договору участия в долевом строительстве (письмо Минфина России от 2.07.13 г. N 03-04-05/25333).

Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного указанным подпунктом, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов, за исключением реализации налогоплательщиком принадлежащих ему ценных бумаг. Таким образом, если квартира была приобретена, а затем продана за одну и ту же цену, налоговая база по налогу на доходы физических лиц будет равна нулю (письмо Минфина России от 24.07.13 г. N 03-04-05/29202).

Несмотря на то что НК РФ не содержит механизма определения стоимости объектов недвижимого имущества, проданных без разделения их стоимости в договоре купли-продажи, определить стоимость проданного жилого дома, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, в общей стоимости проданного земельного участка (находящегося в собственности более трех лет) вместе с жилым домом возможно на основании отчета независимого оценщика, составленного в соответствии с Федеральным законом от 29.07.98 г. N 135-ФЗ "Об оценочной деятельности в Российской Федерации", при условии отражения определенной таким образом стоимости в договоре купли-продажи. В этом случае налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов (письмо Минфина России от 21.03.13 г. N 03-04-05/7-262).

Согласно положениям абз. 2 п.п. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ налогоплательщик вправе уменьшить сумму облагаемого дохода от продажи конкретного объекта имущества, находящегося в его собственности менее трех лет, на сумму документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого же объекта имущества. При этом в случае, если сумма документально подтвержденных расходов на приобретение одного объекта превышает сумму доходов по этому объекту, получившийся остаток не может быть учтен при определении суммы облагаемого дохода по иным объектам и соответственно не учитывается при определении налогооблагаемой базы по налогу на доходы физических лиц в целом за налоговый период (письмо ФНС России от 12.02.13 г. N ЕД-4-3/2254@).