Положения Протокола предусматривают приведение терминологии, используемой в указанном Соглашении, в соответствие с терминологией, применяемой в Таможенном кодексе Таможенного союза.

Кроме того, Протоколом вносятся изменения, наделяющие Евразийскую экономическую комиссию (ЕЭК) полномочиями принимать решения по вопросам применения методов определения таможенной стоимости ввозимых товаров, исходя из соответствующих положений Соглашения по применению статьи VII Генерального соглашения по тарифам и торговле 1994 года.

ЕЭК сможет принимать решение о порядке включения в таможенную стоимость ввозимых товаров расходов по перевозке (транспортировке) товаров с учётом конкретизации понятия «место прибытия товаров на таможенную территорию Таможенного союза» для различных видов транспорта для целей определения таможенной стоимости ввозимых товаров.

Дополнения уточняют установленные Соглашением нормы, регулирующие вопросы определения таможенной стоимости товаров при наличии взаимосвязи между продавцом и покупателем, что позволит чётко определить круг действий таможенного органа и декларанта (таможенного представителя).