ФНС Письмом от 23 сентября 2011 г. № ЕД-4-3/15678@ обращает внимание на необходимость неукоснительного применения налоговыми органами при реализации возложенных на них полномочий положений писем ФНС России, размещенных в указанном разделе сайта ФНС России.

В случае, если применение разъяснений ФНС России привело к отмене судебными органами принятых налоговыми решений по результатам налоговых проверок, управления ФНС России по субъектам Российской Федерации и межрегиональные инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам информируют о данных фактах Управление налогообложения ФНС России в целях корректировки показателей эффективности работы налогового органа.
В случае отмены ФНС России соответствующего разъяснения, в отношении налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов, руководствовавшихся данным разъяснением в период его действия при исполнении обязанностей, предусмотренных законодательством о налогах и сборах, не начисляются пени на сумму образовавшейся недоимки и не применяются меры ответственности за совершение налоговых правонарушений (указанные обстоятельства устанавливаются при наличии разъяснения, по смыслу и содержанию относящегося к налоговым (отчетным) периодам, по которым образовалась недоимка, а также к налоговым периодам, в которых совершено налоговое правонарушение, независимо от даты издания разъяснения).

Налоговые органы при исполнении государственной функции по бесплатному информированию (в том числе в письменной форме) налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов о действующих налогах и сборах, законодательстве о налогах и сборах и принятых в соответствии с ним нормативных правовых актах, порядке исчисления и уплаты налогов и сборов, правах и обязанностях налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов, полномочиях налоговых органов и их должностных лиц, а также представлению форм налоговых деклараций (расчетов) и разъяснению порядка их заполнения также руководствуются правовой позицией, изложенной в соответствующих разъяснениях ФНС России.

На сайте www.nalog.ru раздела "Разъяснения Федеральной налоговой службы, обязательные для применения налоговыми органами" размещены письма ФНС РФ, согласованные с Минфином РФ либо содержащие правовую позицию, аналогичную изложенной в письменных разъяснениях Минфина РФ по вопросам применения законодательства РФ о налогах и сборах.