Для регистрации вашей гражданской жены в квартире потребуется согласие двух сособственников. Для этого нужно будет всем вместе явиться в центр учета граждан.
Для снятия с учета гражданской жены одного Вашего желания будет недостаточно. Выписать человека с жилплощади без его согласия можно будет только через суд. Если Ваша подруга пойдет с Вами в центр учета граждан и напишет заявление об убытии, то без проблем. Если она будет против - то выписать ее удастся только через суд.
Мой вам совет: сделайте ей временную регистрацию (например на 1 год). По истечении этого времени, регистрация аннулируется автоматически.
Отвечая на Ваш вопрос, укажу, что собственник имеет право распоряжаться своей недвижимостью как посчитает нужным. В том числе и предоставлять для проживания. Можете оформлять временную регистрацию сразу же после прекращения предыдущей сколько угодно раз. Однако, если ваша квартира является местом пребывания вашей гражданской супруги - необходимо уведомить об этом ФМС. Каждый раз