Здравствуйте!
Действия военкомата абсолютно правильные. Они могут предоставить Вам отсрочку только после того, как вы пройдете мед. комиссию и будете признаны годным к военной службе, только после этого по закону вам будет предоставлена отсрочка от службы в армии. На работу Вы можете предоставить документы из ВУЗа о том, что приказом зачислены на 1ый курс магистратуры, что по закону дает вам право на отсрочку.
Успехов Вам!