Здравствуйте!
Если признаться, я не вполне понял суть Вашей проблемы. Вы ИП, используете упрощённую систему налогообложения, платите 15 % с дохода. НДС, в соответствии с п. 3 ст. 346.11 НК РФ не уплачиваете. Исключение предусмотренное в этом же пункте, касается товаров, но никак ни услуг, которые вы оказываете по договору транспортной экспедиции.Пишите на мэйл, при необходимости, с более подробными разъяснениями.
С уважением
Махмуд Устарханов
+7(967) 408 98 27
ustarhanov@rambler.ru