Добрый вечер!
Налог с продажи платить не придется, так как недвижимость была приобретена более 3 лет назад. И здесь не играет роли жилое помещение это или нежилое.
Продажа недвижимости и сдача отчетности у ИП - 2 разные вещи, которые между собой никак не соотносятся. Доказывать налоговому органу ничего не нужно, достаточно сдавать нулевые отчетности в сроки. Это будет подтверждением того, что предпринимательство не осуществляется.