Уважаемая Наталия!
Согласно п. 4 ст. 10 Федерального закона о материнском капитале жилое помещение, приобретенное с использованием средств (части средств) материнского капитала, оформляется в общую собственность родителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.
Следовательно, доли нужно выделять. Это что касается однокомнатной квартиры с использованием материнского капитала.
По поводу 3-х комнатной квартиры уточните свой вопрос, поскольку Вы сначала указываете, что она Вам с мужем принадлежит по ипотеке в совместной собственности, а затем пишете, что эта квартира бабушки.
Буду признателен за положительный отзыв.